Microbiologiste de formation et spécialiste en phytopathologie, il travaille au Bureau des Douanes de Yokohama, à la Division de l’Inspection des Plantes. Rapidement, il commence à douter des progrès apportés par l’agriculture scientifique (dépendante du travail de la terre, des engrais et des pesticides chimiques), et démissionne alors de son poste. Il décide de retourner sur la ferme de son père, sur l’île de Shikoku. Dès lors, il consacre sa vie à développer une agriculture plus conforme à ses convictions, qu’il qualifiera d’agriculture naturelle. Ses recherches, inspirées de ses racines culturelles zen, taoïste, shinto, bouddhiste, vont dans le sens d’une unification spirituelle entre l’Homme et la Nature. À partir des années 1980, ses expériences rencontrent progressivement une reconnaissance mondiale, et il multiplie les conférences et les rencontres internationales. Sa ferme devient un lieu d’échange sur ses pratiques pour les experts et les curieux venus du monde entier.